战斗结束后，三忍一起来到牺牲者的坟前，向他们致敬，纲手问自来也接下来有什么打算？
自来也说他要踏进修行的路途，因为前天通讯蛙告诉自来也，他在雨之国收养的孤儿——弥彦、小南、长门，在战争中死了。
自来也收拾好悲伤的心情，准备继续上路，他相信或许在某处能遇到能够改变这个世界的弟子！然后把自己的忍术和意志传递给他，让他把这些宝贵的经验薪火相传！
大蛇丸不屑一顾，认为自来也没事找事，觉得他的梦想是实属搞笑！有的人用时间来换取金钱，有的人用时间来换取地位，还有的人用时间来换取权力，而大蛇丸想用时间来换取更多的时间！
他要开发禁术，研究长生不死的谜！大蛇丸在目睹纲手的弟弟绳树和爱人加藤断相继死去后，他觉得人的生命是脆弱的，但他更觉得人体内蕴藏着巨大的能量，如果一旦释放出来，不仅能成为天下无敌，还能得到长生不死！
所以大蛇丸十分迷恋力量和长生，以致走火入魔！
大蛇丸没有跟自来也道出真相，其实弥彦的死跟团藏有关！山椒鱼半藏为了扫除异已，秘密与团藏合作，要得到他的鼎力相助！团藏为了以后能更好地协调掌控雨之国，与之达成了PY交易，结下同盟！弥彦的死，都是他们导演出来的一出好戏！
从某些方面来说，力量的强弱是衡量生命长短的一个重要法则！
之后，大蛇丸与团藏合作，开展了很多技术研究！大蛇丸杀死守护木叶禁术基地的护卫，潜入基地偷学禁术及做一些违背人伦的研究！
初代火影的木遁之术、初代细胞的研究、二代火影究极禁术秽土转生、宇智波一族写轮眼的研究及移植、「不尸转生」的研究……这些项目都是在团藏和大蛇丸合作下完成的！
研究的成果直接由蛇藏二人窃取，并从中得到巨大的利益！大蛇丸最后完成的不尸转生，可以将自己的精神转移到别人的身体（可以说是夺舍）！团藏移植了初代的细胞，并获得了写轮眼；让经过DNA改造而得到木遁的少年大和成为了团藏的部下！
这一切的代价是无数尸体被盗，成年人身体的改造，及对婴儿进行临床实验……造就了无数无辜生命相继死去！
三代目猿飞知道后，叫停了所有的实验，出于对学生的溺爱，猿飞没有追究大蛇丸责任，而让他写了十几万字的检讨，让他深刻认识自己的错误！
………………
在筛选下一任火影时，团藏打算推荐大蛇丸上位以加强自己手中的权力！
研究所的开销是一笔天文数字，凭大蛇丸一个人的能力是无法进行下去的。所以大蛇丸也想掌握实权，从而调用手中的人力物力继续进行禁术研究……
但猿飞认为大蛇丸藏匿邪恶和野心，没把火影的重任托付到大蛇丸身上！而是拉拢木叶高层，把自来也的徒弟波风水门推到了火影的宝座！
大蛇丸认为三代的本意是要将水门当做傀儡，从而控制木叶村！至此，师徒反目成仇！
为了让实验继续进行，大蛇丸离开了木叶村，但与团藏一直保持着利益上的合作关系！
在离开木叶村时，三代堵住了大蛇丸！当时实力处于全盛时期的三代本想杀他，但想到师徒一场，一心不忍，便放他逃走！
在逃亡的路上，自来也曾追上去挽留，大蛇丸冷冷的留下一句话，“我一定要完成长生不老之术，哪怕是毁掉整个木叶也在所不惜！”
自来也意识到大蛇丸走火入魔，已经踏上歧路了！多年以来，他也在暗中追查到大蛇丸的行踪……
不久后，大蛇丸便加入了晓组织，原因是他发现了佩恩的轮回眼！博览群书的大蛇丸知道轮回眼是六道仙人才拥有的眼睛！如果加以运用，可以跳出三界外，不在五行中，躲过六道轮回，从而得到长生！
大蛇丸想将其据为己有！
至此，大蛇丸与来自砂忍的赤砂之蝎——蝎，组CP，成了传说中的蛇蝎心肠组合！
为了避免木叶的追杀，大蛇丸发暗信告诉木叶高层，他在晓组织当卧底，并将一些没用的情报传回来！
得到木叶的信任后，大蛇丸过上了没人追杀的好日子，继续开展秽土转生的研究！
大蛇丸与晓组织的目地不同，不想沦为手枪，被佩恩利用，在捕捉尾兽的工作上很不积极！惹得佩恩老板很不开心，这只是其一，其二是佩恩发现了大蛇丸觊觎自己的轮回眼！
事情一败露，大蛇丸遭到了晓组织的追杀！
团藏是个老王八蛋、老不要脸了，他是一个大阴谋家，大权谋家！没有绝对的同盟，只有绝对的利益，所有人在他眼里只是一颗被利用的棋子！
当大蛇丸离开晓组织，并长时间没有跟团藏联系！团藏对大蛇丸产生了猜忌，想把大蛇丸从历史中抹去！团藏查出了大蛇丸隐匿在音隐村一带，他以权力地位为鱼饵，想来一招借刀杀人，借自来也的力量去对付大蛇丸，让他们同门相残！
一箭双雕，一石二鸟！如果这一招成功了，团藏不仅抹去了不可控的力量，而且还能间接削弱三代的实力！
在写信给自来也之前，团藏还瞒着木叶高层做了一件恐怖的事情——灭族宇智波！
在大蛇丸加入晓组织期间，传来的情报中就有晓组织的根据地所在和晓组织的目的是捕捉尾兽！
团藏知道了这些信息后，派油女龙马当信客，传信给晓组织的头领，说有大事要谈，是关于尾兽的！
就这样团藏成功把佩服约出！
当团藏和佩恩六道在木叶死亡森林碰面，看到佩恩的脸时，团藏吓了一跳！这不是自己与山椒鱼半藏合手害死的弥彦吗？
团藏咽了一口口水，让情绪趋于镇定！因为当时伏击他们的时候，没有露出真脸，所以长门不知道团藏就是幕后的凶手之一！
没有绝对的朋友，只有绝对的利益，当知道晓组织暗中操纵雨之国！狗尾巴草，那里吹风往那倒，团藏舔着狗脸，提出了同盟合作的请求！
晓组织帮团藏处理大蛇丸（大蛇丸知道了团藏太多的秘密，脱离团战掌控的大蛇丸已成为他眼中钉、肉中刺。团藏恨不得除之而后快！），第二就是灭了宇智波一族（宇智波一族准备谋反，脱离村子，团藏要将他们置于死地而后快）！
作为报答，团藏会想办法把村子里的九尾送到晓组织的屠刀之下！